Na Educação Superior, o Estado de Santa Catarina é o mantenedor da Universidade do Estado de Santa Catarina (UDESC). Trata-se de uma Instituição de Ensino Superior pública, portanto gratuita, com oferta ensino, pesquisa e extensão.
A Secretaria de Estado da Educação atua na planejamento e execução do Programa de Bolsas Universitárias de Santa Catarina (UNIEDU). Neste sentido, possibilita o benefício de bolsas de estudos, pesquisa e extensão a estudantes matriculados em cursos de graduação e pós-graduação. Mais informações consulte o site UNIEDU.